選擇正確的固定相是確保氣相色譜方法成功的關(guān)鍵參數(shù)。因為分析物分子與流動相之間的相互作用幾乎可以忽略不計，柱溫度和分析物與固定相之間的相互作用是支配分離選擇性的關(guān)鍵。使用溫度將進一步在氣相色譜的理論和儀器/氣相色譜程序升溫章節(jié)中進行討論。

色譜固定相選擇的*原則是“相似相溶”原理，分離極性分析物時需要一個極性的固定相，反之亦然。固定相選擇的技巧已知(或經(jīng)驗性證實)，所選固定相的極性強度必須能避免保留時間過長，同時還可以獲得令人滿意的分離效果。當(dāng)分離中等極性的化合物或分析物為極性和非極性化合物的混合物時，需要對每種固定相的保留能力及分離度*了解。在這里主要討論三種作用力的作用原理，即“色散力”、“偶極子”(包括偶極子和誘導(dǎo)偶極子)和“氫鍵”。

無論是自己裝填的還是購買的離子色譜柱，使用前都要對其性能進行考察，使用期間或放置一段時間后也要重新檢查。柱性能指標(biāo)包括在一定實驗條件下（樣品、流動相、流速、溫度）下的柱壓、理論塔板高度和塔板數(shù)、對稱因子、容量因子和選擇性因子的重復(fù)性，或分離度。一般說來容量因子和選擇性因子的重復(fù)性在±5%或±10%以內(nèi)。進行柱效比較時，還要注意柱外效應(yīng)是否有變化。

一份合格的離子色譜柱評價報告應(yīng)給出柱的基本參數(shù)，如柱長、內(nèi)徑、填料的種類、粒度、離子色譜柱的柱效、不對稱度和柱壓降等。